Project Purity (dt.: Projekt Reinheit) ist ein von verschiedenen Wissenschaftlern ins Leben gerufenes Projekt zur Reinigung des Wassers im gesamten Ödland und den Menschen somit ein besseres Leben zu ermöglichen, zu den Wissenschaftlern gehörten unter anderem James, der Vater des Protagonisten aus Fallout3 und dessen Mutter Cathrine. Das Projekt schien jedoch nicht zu funktionieren da man nur kleine mengen von der Radioaktivität reinigen konnte. Schließlich, aufgrund der Geburt des Protagonisten und dem Tod von Cathrine entschied der Vater das Kind in einer sicheren Gegend großzuziehen, Vault 101. Project Purity wurde daraufhin eingefroren und erst fast 20 Jahre später wieder von James fortgeführt. Dieser fand schließlich heraus, weshalb Purity nicht funktioniert hatte und machte sich auf die suche nach dem G.E.E.K. Auch die Enklave zeigte interesse an dem Projekt da sie sich so die MEnschen des Ödlandes gefügig machen konnten, wenn sie über das einzige saubere Wasser im gesamten Ödland verfügen würden. Der Protagonist kann schließlich selbst entscheiden wie er das Projekt nutzen will, das Modifizierte FEV-Virus in den Filter geben, es hochjagen oder aber es einfach aktivieren.
Der Code für die Aktivierung ist 216 nach Offenbarung 21:6 der Lieblingsstelle von Cathrine in der Bibel.